В основе экспозиции музея истории БГУ положен тематический принцип, раскрывающийся через тематические комплексы музейных предметов и научно-вспомогательных материалов, сгруппированных таким образом, чтобы данные комплексы в хронологическом порядке отражали основные этапы истории университета. Каждая экспозиционная тема раскрывается с помощью нескольких комплексов. Организованная таким образом экспозиция музея представляет собой наглядную историю БГУ, изложенную с помощью эмоционально окрашенных памятников – документов, фотографий, произведений изобразительного искусства и трёхмерных объектов.

Музейная экспозиция состоит из семи тематических разделов:

• Создание БГУ. Кузница кадров национальной интеллигенции в 1920- гг.
• В период формирования административно-командной системы 1930-е гг.
• Белорусский государственный университет в годы Великой Отечественной войны.
• Жизнь университета в первое послевоенное десятилетие.
• После наступления «оттепели». Научно-педагогическая и социально-культурная жизнь университета в период либерализации общественной жизни в СССР в сер. 1950-х – конце 1960-х гг.
• Жизнь университета в условиях «развитого социализма» в 1970-80-е гг.
• Университет сегодня.