У аснове экспазіцыі музея гісторыі БДУ пакладзены тэматычны прынцып, які расчыняецца праз тэматычныя комплексы музейных прадметаў і навукова-дапаможных матэрыялаў, згрупаваных такім чынам, каб дадзеныя комплексы ў храналагічным парадку адлюстроўвалі асноўныя этапы гісторыі ўніверсітэта. Арганізаваная такім чынам экспазіцыя музея ўяўляе сабой наглядную гісторыю БДУ, выкладзеную з дапамогай эмацыйна афарбаваных помнікаў - дакументаў, фатаграфій, твораў выяўленчага мастацтва і трохмерных аб'ектаў.

Музейная экспазіцыя складаецца з сямі тэматычных раздзелаў:

       Стварэнне БДУ. Кузня кадраў нацыянальнай інтэлігенцыі ў 1920-гг.
       У перыяд фарміравання адміністрацыйна-каманднай сістэмы 1930-я гг.
       Беларускі дзяржаўны ўніверсітэт у гады Вялікай Айчыннай вайны.
       Жыццё ўніверсітэта ў першае пасляваеннае дзесяцігоддзе.
       Пасля наступлення «адлігі». Навукова-педагагічная і сацыяльна-культурнае жыццё ўніверсітэта ў перыяд лібералізацыі грамадскага жыцця ў СССР у сярэдзіне 1950-х - канцы 1960-х гг.
       Жыццё ўніверсітэта ва ўмовах «развітога сацыялізму» ў 1970-80-я гг.
       Універсітэт сёння.