У гісторыі Беларускага дзяржаўнага ўніверсітэта, як у люстэрку, адбіліся найважнейшыя этапы развіцця Беларусі ў навейшы час — у ХХ стагоддзі.

Утварэнне Музея гісторыі БДУ сыходзіць сваімі каранямі яшчэ ў 1924 г., калі па ініцыятыве прафесара М.В. Доўнар-Запольскага і пры ўдзеле прафесара С.З. Кацэнбогіна быў адкрыты музей першабытнай культуры і рэлігіі. Экспазіцыя складалася з копій старажытнагрэцкіх і старажытнарымскіх статуй, масак, ваз, якія былі закуплены Праўленнем БДУ ў музеі Эрмітажа ў Петраградзе.

З гадамі Музей папаўняўся экспанатамі, асабліва ў канцы 1920-х – пачатку 1930-х гг., калі сюды сталі паступаць знаходкі археалагічных і этнаграфічных экспедыцый. У сувязі з гэтым з'явілася неабходнасць змяніць структуру музея. 10 студзеня 1940 г., згодна з загадам рэктара П.П. Савіцкага, быў створаны гісторыка-археалагічны музей, фонды і калекцыі якога, на жаль, загінулі ў час Вялікай Айчыннай вайны.

Пасля вайны, разам з аднаўленнем універсітэта, пачалася работа і па аднаўленні Музея. Зноў адноўленая экспазіцыя, як і даваенная, паказвала гісторыю антычнасці і археалогію.

У 1951 г. была праведзена выстава дасягненняў універсітэта за 30 гадоў яго дзейнасці. Менавіта ў гэты час паўстала неабходнасць у стварэнні падраздзялення, якое займалася б зборам і захаваннем гісторыі універсітэта.

Збор матэрыялаў пачаў праводзіцца з 1960-х гг. Усю пошукавую работу праводзілі выкладчыкі і студэнты гістарычнага факультэта. У 1971 г. быў адкрыты пакой падарункаў. У снежні 1977 г. па ініцыятыве рэктара БДУ У.М.Сікорскага быў утвораны аддзел гісторыі БДУ гістарычнага музея ўніверсітэта. Вялікі ўнёсак у стварэнне зрабілі супрацоўнікі гістарычнага факультэта І.В.Царук, Г.І.Даўгяла, М.Ф. Піліпенка, В.Н.Рабцэвіч, М.М.Цімохаўцаў, Н.А. Дабражанская, А.А.Яноўскі, Л.А.Міхайлоўскі, А.А.Стуканаў, А.І.Кажушкоў.

У кастрычніку 1981 г. БДУ святкаваў сваё 60-годдзе. Да гэтай даты па ініцыятыве рэктара У.А.Белага Музей гісторыі БДУ быў рэканструяваны, былі значна пашыраны яго плошчы. Экспазіцыя таго часу адлюстроўвала гісторыю ўніверсітэта з 1921 па 1981 гг.

У 1993 г. у сувязі з пераездам гістарычнага факультэта Музей гісторыі прыпыніў сваю работу. Але ўжо з 1995 г., зрабіўшы новую экспазіцыю, Музей прымаў наведвальнікаў, атрымліваючы самыя лепшыя водгукі. У 1997 г. экспазіцыя была згорнута.

У цяперашні час Музей вядзе вялікую навукова-даследчую і кансультацыйную работу; штогод робіць экспазіцыі, прысвечаныя той ці іншай падзее. У 2004–2005 гг. вялася работа па аднаўленні экспазіцыі Музея гісторыі БДУ, зноў распрацоўвалася яго канцэпцыя.

Адным з падарункаў да 85-гадовага юбілея ўніверсітэта стала падрыхтоўка рэканструкцыі Музея гісторыі Беларускага дзяржаўнага ўніверсітэта, які прыпыніў сваю работу ў канцы 1990-х гадоў. Работа па стварэнні новай экспазіцыі Музея пачалася яшчэ ў 2005 годзе і завяршылася адкрыццём музея 27 кастрычніка 2006 г. Сёння музей паспяхова функцыянуе і запрашае наведаць яго залы.